Eskiden ülseratif kolit için standart ameliyat, kalın bağırsağın, rektumun (kalın bağırsağın son bölümü) ve anüs (makat) tamamen çıkartılması idi. Bu ameliyat proktokolektomi olarak adlandılır ve tek yada birden fazla aşamada yapılabilir. Hastalığı tümüyle iyileştirir ve kanserleşme riskini tamamen ortadan kaldırır. Ancak kalıcı olarak ileostomi (ince bağırsağın karın ön duvarına ağızlaştırılması) açılmasını gerektirir. Bu ameliyatı tercih eden hastaların karın ön duvarında torba taşıması gerekir.